Uganda bevindt zich in Oost-Afrika, aan beide zijden van de evenaar, en wordt omringd door de Democratische Republiek Congo, Rwanda, Zuid-Soedan, Kenia en Tanzania. Met een oppervlakte van 236.040 vierkante kilometer is Uganda ongeveer zeven keer zo groot als Nederland.
Het land kent een tropisch klimaat vanwege zijn ligging op de evenaar, wat resulteert in hoge temperaturen en veel neerslag. Er zijn twee droge seizoenen: van december tot februari en van juni tot augustus, maar klimaatverandering maakt deze minder onderscheidend. Het noordoosten van Uganda ontvangt de minste neerslag, slechts 500 mm per jaar, terwijl rond het Victoriameer meer dan 2100 mm per jaar valt.
Ongeveer de helft van het Ugandese grondgebied is onontgonnen. Het zuiden kent intensieve landbouw, terwijl het noorden, dat droger en minder vruchtbaar is, een schralere vegetatie heeft. Papyrus gedijt goed in de moerassen rond de meren. Ongeveer 12% van de totale oppervlakte van Uganda bestaat uit nationale parken en bossen.
Uganda herbergt vele olifanten en giraffen, hoewel er nog steeds bovengemiddeld veel gestroopt wordt. De rivieren en meren zijn het thuis van duizenden nijlpaarden. De zeldzame berggorilla’s leven in het Mufumbiro-gebergte. Bij Lake Edward zijn leeuwen te vinden die in bomen leven. Zowel binnen als buiten de wildparken vindt men wevervogels, ijsvogels, buffels, antilopen, Oegandese kraanvogels, wrattenzwijnen, visarenden, gazellen, bosbokken en bavianen. De nationale vogel van Uganda is de grijze kraanvogel.